Yes — WebM は Opus オーディオを含む VP9 または AV1 で、ブラウザはネイティブにデコードしますが、ほとんどのデスクトップエディタはインポート時にトランスコードします. It is the kind of thing that explains why a file looks right in one application and wrong in another.
透明度の決定は,透明度の変更を行う段階である。 That is the step most people actually came for, and doing it after WebM を回転 rather than before it means the conversion works from the file you finally settled on.